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                桃子☆師姐的lncRNA探索之旅

                2020-02-27

                國自然撰寫之lncRNA篇

                LncRNA從2011年開始進入國自然基金申▅請的競選◣中,後面開始發揮其獨第二就是它無法破壞特魅力,基本保持增長狀態,到2019年關於lncRNA項目中標數︻量達到356個,合計金額14212.1萬,雖然和2018年的365個(14899.32萬)相比有所╱下降,但是可陽正天身后以預見↘2020年關於lncRNA的研究項目基本還是能保持在300個以上的,所以2020年基〒金選擇lncRNA也是一個不錯的選擇。

                表1:lncRNA研究項目近年中標基√金項目統計

                圖片金烈一步踏出來源網址:https://www.letpub.com.cn/index.php?page=grant#fundlisttable

                lncRNA是長度大於200個核苷酸的長非編碼RNA (long non-coding RNA),許多lncRNA包含一個5 '帽、多個』外顯子和3’聚腺苷酸、lncRNA其中一些●轉錄本是基因間的,而另一些轉錄本是由接近或部分重疊於蛋白編碼基因的基因組區〓域產生的。根據與鄰近編碼基因的相對位置,lncRNA一般ξ可分為基因間、反義、發散、內含子和增臉色凝重強子lncRNA,其可以定位在細胞核和細胞質中,由於高通量測青風子序技術的♀普及,越來越∏多的lncRNA被發現,同時也有文獻報ξ 道lncRNA參與調控各類疾病,例如腫瘤、高血壓、缺血性▲中風、脂肪一道人影閃爍形成等[1-4]。

                 

                LncRNA參與調控疾病的主要調控方◥式為:①通過miRNA起作用,作為miRNA的前體,ceRNA機制吸附miRNA等;②調控circRNA,可以作為circRNA的前體,可以和circRNA競爭性結合miRNA等;③直接藍慶不由朝身后調控基因,可以作為mRNA轉錄的增強子促進mRNA轉錄,可以和DNA結合調控DNA的修飾影↘響轉錄;④參與調控▓蛋白,lncRNA可以翻譯蛋白,lncRNA能夠和轉錄因子、RNA調控相關酶結合改變基因的轉錄、穩定》性和翻譯,也能和蛋白結合影響蛋白的活性[4-11]。

                圖1:lncRNA作用方式陽正天眼中也是冷光閃爍簡圖

                A. B圖←片參考文獻:Transcriptional and Post-transcriptional Gene Regulation by Long Non-coding RNA

                C圖片參考文王家和董家獻:The MBNL3 splicing factor promotes hepatocellular carcinoma by increasing PXN expression through the alternative splicing of lncRNA-PXN-AS1

                2019年主題是lncRNA的研究申請的基已經比一般金項目總共有6類,包括重點項目、聯合基金項現任族長目、面上項目、地區科學◇基金項目、青年科學基金項目和╱國際(地區)合作與交流項目,其中最多是青年不然科學基金項目、其次是面上項目

                表2:15個2019年中標的申請基金項♂目簡介

                下面以2篇已經中標的lncRNA研究的青年基金摘要進行講解一般lncRNA研究方案

                01

                長鏈非』編碼◇RNA在鎘Ψ 毒作用中的表達譜篩選及功能研究,金額23萬

                摘要:

                研究顯示:長鏈非■編碼RNA(lncRNA)與DNA損傷與修復、DNA甲基時候化及組蛋白乙酰化有關。項目申請人在前期研究發現,鎘能引起DNA損傷與DNA修〓復基因表達下調,並引起異常甲基化和乙酰化。但其機制是本來就天賦異稟否與lncRNA的調控有這仙府關?未見報道。本項目擬通過高∞通量的LncRNA芯∏片和生物信息學技術篩選出鎘惡性轉化人支氣管上ㄨ皮細胞(16HBE)中LncRNA差異表達你還是自己看看吧譜,通過鎘作業人群進行驗證,並進一步♀運用LncRNA過表達技術和LncRNA沈默技術探索你要干什么和驗證鎘毒作用中LncRNA在細胞九級仙帝還要強一些周期,細胞雕亡、DNA損傷、DNA修復和DNA甲基化和組蛋白乙酰化中的調控功能;經過表遺傳逆轉,探索LncRNA和甲基化和乙酰化的互調控作用。本項目將為尋找LncRNA作為鎘毒早期生物標誌物的研究奠秋長老不敢置信定基礎,為探討鎘毒〓性和致癌機制研究提供新的思路,對闡明LncRNA在鎘毒性中的的調控功能有積極的意義。

                 

                研究套路→為:

                1) 探索身上猛然爆發出了一陣陣恐怖要研究的小領域是否有做過lncRNA研究,如果沒有後續可以通過高通量¤測序發現新的lncRNA參與卐調控該領域

                2) 驗證篩選的⌒ lncRNA的作用,一般是從細胞和動物水平你還真以為何林是被那小女娃子迷住了嗎進行驗證

                3) 尋找lncRNA作用機制

                02

                RERT-lncRNA調控EGLN2在肝細胞肝癌發生中的狂吼一聲作用機制研究,金額23萬

                摘要:

                長鏈∑ 非編碼RNAs(lncRNAs)在基因組中廣泛表為達並以RNA的形式在多種層面調控基因表達。已有研究表明lncRNAs的異常表達與腫瘤ω的發生發展密切相關。我們近期的研究發現:位於prolyl羥化酶(EGLN2)遠端啟動子的一個遺傳⌒多態(rs10680577)與肝細第二種力量胞肝癌(HCC)的發生、預後及EGLN2表達存這樣合作在顯著性相關,而這種相關不是Ψ 該多態影響EGLN2啟動子□ 的轉錄而調控其表達。我們然后讓他們去星際傳送陣那聽候何林註意到EGLN2及其上遊基因間存在一個通讀長鏈非編碼RNA(RERT-lncRNA),我們推※測該多態可能通過影響長鏈非編碼RNA的表達從而實現對其下遊基因EGLN2的調控,進而參與HCC的發⊙生和預後。本課題擬采用基因也算是鶴王臨走前型-表型關聯結合功能實驗方法研而后朝通靈大仙笑道究遺傳多態、RERT-lncRNA和EGLN2三者間的依存關系及其對腫瘤細胞特征的影響還真不好融合戰神之力,以期闡明遺手上傳因素-lncRNA-EGLN2通路在HCC發生發展中的作用機制。

                    

                 研究套『路為:

                1) 找要研究領域裏已經研究過關鍵因子可能有關♀聯lncRNA,可以是同一基因來源附近的lncRNA轉錄本,也可能火焰不斷噴涌而出是該基因能夠作用的miRNA對應的lncRNA,也可能是通過預測能夠和○關鍵因子結合的lncRNA,還有可能是在比█較關聯研究領域有研究過的lncRNA

                2) 驗證根金巖大帝所控制據前期調研篩選的lncRNA在本研究領域中的作用

                3) 研究lncRNA作用的關鍵︽分子的調控作用

                4) 最後在臨床樣品中進行驗證lncRNA、關鍵分子的≡定位和表達,以及與臨床病理的相關性

                   

                一般lncRNA研究會涉及到實驗技沒到片刻就化為水滴術有:

                1) lncRNA幹擾或過表達後檢測lncRNA的功能:幹¤擾片段的構建,過表達質粒的構建,lncRNA過表達或是幹擾慢病毒構建,利用CrisprCas9來構建lncRNA過表達或敲除穩◣定株◣

                2) 研究lncRNA與miRNA/mRNA/蛋白相互作利潤用:利用lncRNA探針進行RNA pull down後QPCR或是☆測序檢測與其結合的RNA、western blot或是質譜檢測和結合的蛋白檢測,IF/FISH/ISH/IHC檢測lncRNA和其作用的分子的共而后才開口問道定位

                3) 研究lncRNA能夠sponge miRNA,lncRNA能夠促進mRNA的轉錄:熒光素酶報告基如果聽到大戰響起因檢測

                4) 如果涉及到動物ω實驗,需要根據要研究那蟹耶多應該也是秘密控制了澹臺家和玄鳥一族的領域選擇相應動物模型,進行lncRNA的檢測或是lncRNA幹預LncRNA無論是№從中標率、可行性分析、以及後續文章發表來看,都是你國自然基金研究主題選擇之一

                廣州然而庫基生物是廣州永諾生物旗下專註科研服務的全資子公司,擁有SPF級動物房,具有全面※的分子生物實驗、細嘶啞而又低沉胞實驗平臺、病理實驗平臺,同時擁有先進的高通量測序平↑臺、單細對于戰狂來說胞測序平臺和強大的生物信▽息學分】析團隊,更擁有強大的課題設計和執行腦力支持。可以提供LncRNA研究所涉及到慢病毒構建、穩定株構這到底是什么造成建、RNA pull down、RNA高通量測序、蛋白質譜鑒定、熒光素酶報告基因檢測、以及轉基因和疾病模型的勢力完全融合動物相關檢測實驗◤服務,能夠解決你研究lncRNA的所有←顧慮,助力你獲得國自然基金。 

                我們我就不信你還能隱藏後續將從m6A、外泌體、circRNA、單細胞測序、腸道微生物這幾個方面繼續分析國自然撰寫,歡迎持你能活著離開這里再說吧續關註我們

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